對于氣相色譜儀的氣路部分來說，按其容易發生的故障的現象可以分為三大類：

　　1.流量調節故障；

　　2.氣路泄漏故障；

　　3.氣路堵塞與污染故障。

　　在氣相色譜儀出現的各種故障中，有相當大的一部分都與氣路有關，因此，先要做好氣路故障的檢查：

　　1.降低柱溫

　　由于色譜柱中固定液的流失量與柱溫是指數式關系。因此降低柱溫將能大幅度減少固定液的流失量。如在柱溫下降時基線變穩，則說明柱流失原來太大，需根據具體分析條件進一步處理。

　　2.是否允許柱子有較大的流失

　　在某些分析方法的限定下，不得不允許柱子有一定的流失，這時可考慮適當提高儀器其它部分的穩定性，使整個分析方法能得以實現。

　　3.對柱流失大進行處理

　　先應懷疑柱子是否充分老化，這可在升高柱溫條件下進一步老化色譜柱后，在操作溫度下觀察基線能否變好而加以證實。如老化處理無明顯效果，可在柱溫處于150℃以上條件下，注入幾針蒸餾水作清洗試驗（每針進水量可在10-20微升左右）。在用水蒸氣清洗之后，如有效果，可認為色譜柱有雜質污染；如水蒸氣清洗無效果，須考慮更換新的色譜柱了。

　　4.柱后氣路試漏

　　色譜柱到熱導檢測器之間的管路，包括熱導檢測器本身的氣路不應有泄漏。如該處有泄漏，空氣中的氧氣將會從泄漏處滲到氣路中去，影響基線穩定性，嚴重的會腐蝕鎢絲，使之受到永遠的損傷。柱后試漏的方法十分簡單，只要堵住熱導池出口，觀察相應氣路的流量計轉子是否降到零即可。

　　5.更換過濾、凈化器

　　氣相色譜儀載氣氣路上的過濾、凈化器在使用一段時期之后要活化或更換。在載氣氣源不干凈時更應及時換新。在過濾、凈化器換新之后再觀察基線穩定性的變化情況。如基線明顯變好說明載氣純度不夠，或者是過濾、凈化器失效。